A Brussels Airlines foi fundada no dia 7 de Novembro de 2006, quando a companhia aérea SN Brussels Airlines e a Virgin Express, a primeira companhia aérea europeia de baixo custo, se fundiram. Já no ano 2005 as duas companhias tinham assinado um acordo que estabelecia que as ações das duas empresas seriam depositadas apenas num grupo, a SN Airholding. No entanto, os primeiros voos da Brussels Airlines apenas descolaram em Março de 2007.
Em Dezembro de 2009 a companhia passou a fazer parte da Star Alliance. Hoje em dia a Brussels Airlines oferece voos para mais de 110 destinos e os planos de expansão estão centrados principalmente no mercado de voos internacionais. A Brussels Airlines é pioneira no serviço semanal de um voo de longo curso entre Bruxelas e Burundi, estabelendo assim o único serviço direto entre a Europa e Burundi que existe na atualidade.